Il toponimo potrebbe derivare dal personale latino Pannonius o da un antico etnico riconducibile al nome della regione della Pannonia (dalla testimonianza di Paolo Diacono con i Longobardi anche alcuni gruppi di Pannonii raggiunsero l’Italia). Il ritrovamento di due asce e di altri utensili, risalenti alla media e tarda età del bronzo, conferma la presenza nella zona di antichi abitatori, probabilmente celti. Questi reperti sono oggi l’unica testimonianza della civiltà celtica nella valle. Nel Medioevo, il borgo faceva parte della Squadra dei Monti della Valsassina ed a questa rimase legato nel corso dei secoli. Nella prima metà del Quattrocento la signoria dei Visconti occupò il borgo stabilendosi nella locale torre.

La zona è nota per aver dato i natali a numerosi artisti incisori, tutti provenienti dalla famiglia Tagliaferri, che hanno affrescato la maggior parte delle chiese e degli edifici sacri della Valsassina, di Lecco, del lago di Como e del bergamasco. Il nome dei Tagliaferri deriva dal mestiere che essi svolgevano: erano, infatti, fabbri, giunti nella zona attirati dalle numerose miniere presenti, e si erano quindi specializzati nell’arte del ferro battuto. 

Un tempo tutta l’economia pagnonese gravitava intorno a gli alpeggi, vi era grande abbondanza di terreni da pascolo e di produzione foraggera,e la felice posizione della valle favoriva e favorisce tuttora l’allevamento del bestiame. Ancora oggi viene curata in modo particolare la selezione dei soggetti da latte. La razza bruno-alpina è la più diffusa ed è una delle maggiori produttrici di latte.

Rispetto ad un ventennio fa è variata la numerosità dei bovini che ha subito a causa di fenomeni sociali (emigrazione e abbandono dell’attività agricola)una marcata diminuzione.

Pagnona godeva un tempo dei proventi di due alpeggi principali: Bedoledo e Vesina oltre a quelli di Casgnella e di Boggio. L’alpe Vesina era fino a poco tempo addietro, affittata a piccole società di privati imprenditori,simili a quelle della valle del bitto in Valtellina, i quali godevano le alpi, in parte con il bestiame proprio e per la maggiore con le bestie prese a soccida.

A difesa delle richezze della valle e degli alpeggi una volta all’ingresso del paese sorgeva una fortezza che oggi ritroviamo nello stemma comunale sotto forma di una grande torre merlata alla guelfa. La torre poggia su di un declivo verde che ricorda l’ambiente che circonda il paese alle sue spalle un corso d’acqua ricorda il torrente Varrone e Varroncello.
Nel punto più alto una stella ad otto punte dorata, in rappresentanza del Monte Legnone che sovrasta l’abitato.
 

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